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Cloudera宣布与博德研究所合作

根据Cloudera上月 报道 ,他们将会与博德研究所共同合作研究博德研究所的Genome Analysis Toolkit第四代产品Hellbender(GATK4)。InfoQ之前对其进行过相关报道。

Cloudera的生命科学部门负责人Shawn Dolley称GATK4可以节约成本,并减少了研发时间,并同时 宣布 有关博德研究所与各种云IaaS提供商的广泛合作,但不提供定量的标准。Dooley提到了合作工作所能带来的优势,

2014年Cloudera与Spark之间的合作,推动我们成为首个可以交付、支持并提供Spark培训的Hadoop供应商。我们很荣幸可以将我们的专业知识运用到多omic生物标志分析领域,投资基于Spark的生物信息学标准,并与博德研究所合作创造下一代GATK产品。这种低成本的基因组测序和大数据技术的领先技术相结合,代表着我们可以更广泛地对患者的基因组进行测序,并产生之前从未得到过的数据集。

云平台的用例和架构注重于避免重复的基础设施,并推进最佳实践,使用户可以深入理解观察疾病和治疗方法,而不仅仅是管理基础设施。博德研究所数据科学和数据工程高级总监、GATK软件包创始人 Eric Banks 博士说,

博德研究所的GATK产品目前有超过31000名注册用户。绝大多数用户建立了本地计算存储基础设施,以处理需要进行基因分析的庞大信息。这些合作将为我们消除传统技术的限制,同时给予相同高质量数据处理水平提供新的机会。

关于GATK之前的版本到GATK4之间性能的提升,Bank表示,

在Cloudera 企业版中使用Spark计算框架,给予了我们在GATK3上因其计算复杂程度无法实现的工具。在Cloudera企业版上,我们现在可以以快于先前版本的GATK两个数量级的速度来运行基因数据分析,加速反复分析,推进基因创新。

博德研究所与laaS提供商的广泛合作旨在让下一代GATK Spark可以基于SaaS模型使用,让用户可以通过不同的laaS登录GATK4,而不受特定提供商的限制。GATK4最早将在今年发布,根据提供商不同价格也会不同。免费的许可证将会提供给学术研究,而收费的许可证将可以供给商业用户使用。

查看英文原文: Cloudera Announces Partnership with the Broad Institute

感谢张龙对本文的审校。

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